Указы Сената, высочайшие повеления, постановления и отчеты департамента; дела о штатах департамента; об учреждении компаний для устройства дорог, в том числе об учреждении Главного общества Российских железных дорог, о строительстве железнодорожных линий, о железнодорожных изобретениях, о мерах для безопасного движения, учреждении полицейских управлений на дорогах; об усилении надзора за Варшавской ж.д.; о расчетах с правлениями акционерных обществ и разными лицами за поставку оборудования, строительство мостов и др. работы; об отпуске средств на производство изысканий для строительства железных дорог, на содержание Управления электромагнитного телеграфа Николаевской ж.д. и инспекций на дорогах; сведения о доходах от дорог и о количестве пассажиров и грузов, перевезенных дорогами — материалы Канцелярии и 1–2 го столов Счетного отделения. За 1842–1891 гг. (оп. 1, ч. 1).
Дела о ревизии отчетов департамента, о предоставлении дорогами отчетов; о содержании инспекций на дорогах; о выдаче ссуд на ремонт мостов, замену рельсов; о заключении контрактов на поставку железнодорожного оборудования и расчетах по поставкам; о суммах, вырученных дорогами от перевозки пассажиров и грузов; о рассмотрении и утверждении смет доходов и расходов по железным дорогам — материалы 1–5 го столов Счетного отделения за 1842–1887 гг. (оп. 1, ч. 2).
Дела о проектах и сметах на строительство мостов, устройство земляного полотна, водоемов, плотин, укрепление берегов, сооружение станций на участках Петербурго Московской ж.д.; об усовершенствованиях и изобретениях, об изысканиях железных дорог; технические отчеты о работах на Петербурго Московской ж.д. — материалы 1 го стола Искусственного отделения за 1842–1866 гг. (оп.1, ч. 3); о сметах на ремонт верхнего строения полотна, об устройстве мостов, шоссейных дорог, депо, мастерских; о прорытии водопроводных и осушительных каналов, об изысканиях и строительстве дорог и мостов, об изобретениях; о передаче дорог в эксплуатацию частным обществам, о рассмотрении уставов обществ; о предоставлении концессий на строительство дорог; о статистических сведениях по дорогам; об устройстве конно железных дорог; об установлении правительственного контроля над частными железными дорогами — материалы 1–2 го столов Искусственного отделения за 1842–1880 гг. (оп. 1, ч. 4).
Дела об изысканиях и строительстве дорог, об устройстве путепроводов, земляного полотна, мостов, о водоснабжении на дорогах; об устройстве заводов для изготовления рельс, об усовершенствованиях и изобретениях; указы Сената; отчеты и циркуляры департамента; инструкции правления служащим дорог; дела о созыве общих собраний акционеров железнодорожных обществ; о штатах инспекций на дорогах; о правительственном надзоре за изготовлением заказов на рельсы и подвижной состав; об участии МПС в работе съездов горнопромышленников; о выставках и конгрессах; о железнодорожных мастерских; о принятии иностранцев служащих частных железных дорог в русское подданство; — материалы Чертежного отделения, 1–2 го столов I делопроизводства Общей части, 1–2 го столов (счетного, бухгалтерского) I делопроизводства Административного отделения. За 1865–1901 гг. (оп.1, ч.5).
Дела о строительстве железных дорог и ветвей и отчуждении земель; об аренде земель, принадлежавших дорогам; о деятельности железнодорожных акционерных обществ; о предоставлении концессий; о беспошлинном пропуске из за границы железнодорожного оборудования — материалы 1–3 го столов II делопроизводства Административного отдела, Распорядительной части. За 1866–1899 гг. (оп. 1, ч. 6).
Циркуляры департамента; дела об эксплуатации и освидетельствовании дорог, о строительстве железнодорожных ветвей, искусственных и гражданских сооружений; об установлении тарифов на дорогах; донесения инспекторов о состоянии дорог; дела о происшествиях на дорогах; о подвижном составе; о взаимном использовании дорогами станций; о съездах представителей русских железных дорог; по жалобам разных лиц на управление дорог; сметы доходов и расходов дорог; протоколы Совета управления Главного общества Российских железных дорог; расписания движения поездов — материалы III —V делопроизводств Эксплуатационного отдела. За 1882–1900 гг. (оп. 1, ч.7).
Дела об изыскании, строительстве и освидетельствовании дорог и ветвей; проектах искусственных и гражданских сооружений, телефона и телеграфа; об открытии движения на дорогах; о подвижном составе; об изобретениях и выдаче привилегий; о перевозке грузов, об установлении сборов за их перевозку; о ссудо комиссионных операциях дорог; о движении императорских поездов; поездные журналы — материалы VI делопроизводства Эксплуатационного отдела, VII, VIII, XII делопроизводств Технического отдела, I делопроизводства Коммерческого отдела. За 1877–1900 гг. (оп. 1, ч. 8).
Дела о перевозке грузов; о правилах беспошлинного и льготного проезда по железным дорогам; о денежных сборах на дорогах; об установлении тарифов и тарифных съездах; об общих конвенционных съездах и съездах начальников коммерческих служб; договора дорог с пароходными обществами об участии в Северном международном сообщении; дела об обеспечении строительных работ материалами, о найме рабочих, расчетах с подрядчиками — материалы I — V делопроизводств Коммерческого отдела, 1 го стола Хозяйственного отделения. За 1843–1899 гг. (оп.1,ч.9).
Дела об обеспечении строительных работ материалами, о назначении торгов на строительные работы; о поставках по контрактам подвижного состава и о расчетах по поставкам — материалы 1 го стола Хозяйственного отделения за 1852–1878 гг. (оп.1,ч.10); об изготовлении и испытании подвижного состава, о расчетах с подрядчиками по устройству земляного полотна, мостов, станционных зданий, о поставках по контрактам строительных материалов, отчуждении земли по строительство железных дорог — материалы 1–2го столов Хозяйственного отделения за 1842–1885 гг. (оп. 1, ч. 1); о вознаграждении разных лиц за земли, отчуждаемые под строительство железных дорог; о подрядах разных лиц на постройку мостов, участков шоссе, временных мастерских; о поставке подрядчиками строительных материалов — материалы 2 го стола Хозяйственного отделения за 1866–1874 гг. (оп.1 , ч.12); о вознаграждении разных лиц за отчуждаемые земли вырубленный лес, снесенные при строительстве железных дорог строения материалы 2 го стола Хозяйственного отделения за 1874–1885 гг. (оп. 1, ч. 13); о вознаграждении разных лиц за отчуждаемые земли; о поставках разными фирмами оборудования; о заграничных заказах, в том числе для строительства постоянного моста через р. Неву; о ремонте зданий Александровского механического завода; о подрядах на устройство мостов, платформ, ремонт вагонов, поставку запасных частей — материалы 2 го стола Хозяйственного отделения за 1842–1882 гг. (оп. 1, ч. 14); о заключении контрактов с разными обществами на изготовление и поставку подвижного состава; о предоставлении разным лицам подрядов на устройство земляного полотна и мостов; о вознаграждение разных лиц за отчуждаемые земли — материалы 3 го стола Хозяйственного отделения за 1869–1885 гг. (оп. 1, ч. 15).
Отчеты правлений обществ железных дорог; дела об установлении тарифов на перевозку и хранение грузов; об изыскании и строительстве дорог и ветвей; об открытии движения на дорогах; об установлении прямого сообщения с иностранными государствами и внутри страны; сметы дорог и статистические сведения о них; документы съездов представителей русских железных дорог — материалы Канцелярии, Чертежного, Административного, Искусственного, Коммерческого, Эксплуатационного и Условий перевозки отделений и отделов. За 1842–1899 гг. (оп. 1, ч. 16).
Дела об установлении прямого пассажирского и товарного сообщения; о тарифах на перевозку грузов; об изысканиях и строительстве дорог; о проектах устройства искусственных сооружений, запасных и подъездных путей, разъездов, железнодорожных платформ, водопроводов; об усилении дорог по требованию военного ведомства; об общих собраниях акционеров; материалы съездов представителей русских железных дорог; сметы дорог; журналы всеподданнейших докладов и высочайших повелений по департаменту. За 1842–1899 гг. (оп.1, ч. 17).
Дела о разрешении обществам и частным лицам сооружения железных дорог и ветвей; договоры с подрядчиками и поставщиками; дело о тарифах на перевозку грузов; об отчуждении земель на строительство дорог и вознаграждении владельцев. За 1856–1916 гг. (оп.2).
Материалы правлений обществ железных дорог: Ливанской, Киево Брестской, Лозово Севастопольской, Маршанско Сызранской, Орловско Витебской, Петергофской, Поти Тифилисской, Рижско Вяземской, Харьково Николаевской и Шуйско Ивановской; ведомости департамента о размерах грузового движения на дорогах; о распределении по дорогам подвижного состава; о работе паровозов, обмене вагонами. За 1860–1900 гг. (оп. 3).
Дела по личному составу за 1842–1901 гг. (оп.1,ч.5; 1, ч. 16).
Регистрационно справочный аппарат за 1842–1899 гг. (оп.1, ч. 17).